La fel ca în cazul altor medicamente, utilizarea antibioticelor poate produce efecte nedorite. Candidozele și diareea severă pot fi astfel de efecte adverse. Mai mult, apare tot mai des rezistența bacteriilor față de antibioticele la care sunt expuse, România fiind una dintre țările unde acest fenomen este mai frecvent decât în alte țări europene.
Infecțiile determinate de bacteriile rezistente la antibiotice sunt mai greu de tratat, fiind nevoie de antibiotice mai puternice și mai costisitoare. Astfel, în anumite cazuri rămân foarte puține soluții pentru tratamentul pacienților infectați cu bacterii rezistente.
Totuși, infecții bacteriene pot apărea în cursul unei infecții cu coronavirus (coinfecție). În această situație, în timpul spitalizării, puteți fi tratați și cu antibiotice, dar acest lucru se întâmplă doar sub supravegherea medicului.